Anti-CRISPR (bahasa Inggris: Anti-Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats atau Acr) adalah sekelompok protein yang ditemukan dalam bakteriofag (kadang hanya disebut fag), yang menghambat aktivitas normal CRISPR-Cas, sistem kekebalan bakteri tertentu. CRISPR terdiri dari urutan genom yang dapat ditemukan pada organisme prokariotik, yang berasal dari bakteriofag yang menginfeksi bakteri tersbut sebelumnya, dan digunakan untuk mempertahankan sel dari serangan virus lebih lanjut. Anti-CRISPR merupakan hasil dari proses evolusi terjadi dalam bakteriofag untuk mencegah genomnya dihancurkan oleh sel prokariotik yang akan mereka infeksi.

Sebelum ditemukannya protein Anti-CRISPR, mutasi merupakan satu-satunya cara yang diketahui oleh peneliti untuk menjelaskan bahwa bakteriofag dapat menghindari pemotongan yang dimediasi oleh CRISPR-Cas, yaitu dengan mengurangi afinitas pengikatan fag dan CRISPR. Meskipun demikian, bakteri memiliki mekanisme untuk menargetkan kembali bakteriofag mutan, melalui suatu proses yang disebut "priming adaptation". Sejauh yang diketahui para peneliti, anti-CRISPR merupakan cara paling efektif untuk memastikan kelangsungan hidup bakteriofag sepanjang proses infeksi bakteri.