Busuk akar adalah penyakit tumbuhan yang disebabkan oleh patogen jamur yang menyerang bagian akar sehingga akar-akar tanaman membusuk. Gejala penyakit busuk akar adalah menguningnya daun, sampai kelayuan yang diikuti kematian mendadak. Penyebaran busuk akar dapat melalui penyiraman dengan air yang membawa patogen. Patogen penyebab busuk akar antara lain jamur Phytophthora parasitica, Phellinus spp. dan Ganoderma spp. Pada pohon Acacia mangium busuk akar menyebabkan kematian dengan tingkat serangan antara 3,2-28,2% sedangkan pada selada busuk akar dapat menurunkan hasil sampai dengan 70%.
Gejala dan jenis
Tanaman yang terkena busuk akar biasanya kecil karena pertumbuhan terhambat. Tanaman kurang kokoh, dan ketika tanaman dicabut rambut akar akan tertinggal dan menyisakan akar utama, selain itu dapat ditemukan benang (hifa) berwarna putih dan tercium bau busuk. Daun yang dihasilkan sedikit atau kecil, dibandingkan dengan tanaman sehat dengan usia sama. Pembungaan dapat tertunda ketika akar membusuk sehingga kualitas tanaman tidak seragam. Terdapat banyak jamur penyebab busuk akar, biasanya nama penyakit mengikuti nama jamur penyebabnya, nama penyakit tersebut antara lain:
Busuk akar merah
Busuk akar merah disebabkan oleh patogen jamur dengan famili Basidiomycetes yaitu Ganoderma spp. yang menyerang Acacia mangium. Jamur ini umum dijumpai di daerah tropis dan menyerang tanaman perkebunan seperti karet dan kelapa sawit. Identifikasi tanda-tanda jamur Ganoderma dapat dilakukan dengan mengamati morfologinya seperti bentuk dan warna tubuh buah serta bentuk dan warna miselium. Selain itu pengenalan jenis jamur juga dapat dilakukan secara molekuler dengan menggunakan penanda DNA.
Busuk akar Phytophthora
Penyakit busuk akar phytophthora disebabkan oleh cendawan Phytophthora palmivora, dengan gejala awal serangan tanaman terlihat layu dan terjadi penguningan pada daun muda, tanaman tampak seperti mengalami cekaman air, klorosis dan pertumbuhannya terganggu. Daun yang baru muncul lebih kecil dan berwarna hijau terang sampai kuning. Jaringan akar yang terserang menjadi lunak dan berubah warna menjadi coklat gelap. Busuk akar yang disebabkan oleh Phytophthora dapat menyerang berbagai jenis tanaman antara lain; durian, selada, dan kacang hijau.
Deteksi
Banyak jamur yang dapat menyebabkan busuk akar, mendeteksi jamur yang menjadi patogen dapat dilakukan dengan mengobservasi struktur dari jamur menggunakan mikroskop ataupun menumbuhkan jamur pada media buatan. Ketika parameter morfologi untuk mendeteksi penyebab penyakit tidak tersedia dapat dilakukan secara molekuler menggunakan metode PCR. Pemastian jamur dilakukan secara spesifik, data genetik dari jenis jamur diklon dan disekuensing. Informasi sekuensing ini digunakan untuk mendesain spesifik primer untuk jenis jamur tersebut. Proses metode PCR ini meliputi proses ekstrasksi DNA jamur dengan menggunakan metode Raeder dan Broda.