Flavoprotein adalah salah satu protein yang terdapat dalam rantai transpor elektron. Flavoprotein akan menerima elektron dari NADH dehidrogenase. Flavoprotein merupakan turunan dari asam nukleat riboflavin. Bagian flavin terikat pada protein, merupakan kelompok protestik yang direduksi yang akan menerima elektron dan proton dan dioksidasi ketika elektron tersebut menuju carrier yang lain dalam rantai tersebut. Flavoprotein mengambil elektron dan proton, tetapi yang akan diteruskan ke carrier yang lain hanyalah elektron. Dua buah flavin secara umum ditemukan dalam sel adalah flavin mononukleotida (FMN) dan flavin adenin dinukleotida (FAD). FMN akan terikat pada ribosa dan adenin melalui fosfat kedua. Riboflavin atau vitamin B12 merupakan sumber utama flavin untuk flavoprotein dan dibutuhkan sebagai faktor pertumbuhan bagi beberapa organisme. Sitokrom merupakan salah satu flavoprotein yang sensitif terhadap cahaya biru, karena memiliki enzim yang sensitif cahaya biru yang disebut fotoliase. Enzim ini berperan dalam perbaikan DNA yang rusak akibat terpapar sinar ultra-violet.
