Konjugasi adalah peristiwa transfer bahan genetik (yaitu plasmid F+ pada bakteri dan mikronukleus pada Protozoa) dari satu individu kepada individu lainnya. Mekanisme pertukaran bahan genetik ini terjadi pada bakteri dan beberapa protozoa. Penyatuan gamet terjadi pada salah satu individu. Secara morfologi tidak diketahui jenis kelaminnya, karena itu individu yang terlibat disebut sebagai individu positif (+) dan negatif (-).
Proses konjugasi diawali dari pembentukan berkas-berkas yang bergerak saling berdekatan dari kedua individu. Sel yang berdekatan saling membentuk tonjolan. Ujung dari kedua tonjolan yang bersentuhan akan saling melebur dan membentuk saluran konjugasi. Lewat saluran itu terjadilah aliran protoplasma dari satu sel ke sel yang lain. Kedua plasma melebur, disebut plasmogami. Pada bakteri selanjutnya terjadi transfer plasmid dari satu bakteri kepada bakteri partner. Pada protozoa, seperti Paramecium, terjadi transfer mikronukleus dua arah (saling bertukar).
