Kontroversi sel punca adalah permasalahan etika penelitian yang berkaitan dengan proses pengembangan, pemanfaatan, dan penghancuran embrio manusia. Kontroversi ini hanya menyangkut sel punca embrionik. Tidak semua penelitian sel punca menggunakan embrio manusia. Sebagai contoh, sel punca dewasa, sel punca amniotik, dan sel punca pluripoten terinduksi tidak memerlukan embrio manusia sama sekali. Banyak juga sumber sel punca lainnya yang tidak sekontroversial embrio, seperti sel dari tali pusar, air susu ibu, dan sumsum tulang, tetapi sel-sel punca dari sumber-sumber ini tidak pluripoten.
Perdebatan seputar sel punca embrionik pada dasarnya diakibatkan oleh penggunaan embrio itu sendiri. Muncul pertanyaan kapan kehidupan dimulai, dan juga apakah penghancuran sel embrio diperbolehkan kalau bisa menyembuhkan banyak sekali orang?
