Mikroflora normal manusia merupakan istilah yang digunakan untuk menggambarkan berbagai macam mikroorganisme seperti bakteri dan fungi yang merupakan penghuni tetap dari bagian-bagian tubuh tertentu seperti kulit, rongga mulut, rongga hidung, rongga telinga, usus besar, anus, dan vagina. Namun ada 2 jenis organisme yang tidak termasuk ke dalam mikroflora normal pada manusia, yaitu virus dan parasit.
Flora normal pada kulit
Mikroorganisme yang dominan adalah Staphylococcus epidermidis yang bersifat nonpatogen pada kulit namun dapat menimbulkan penyakit saat mencapai tempat-tempat tertentu seperti katup jantung buatan dan sendi prostetik (sendi buatan). Bakteri ini lebih sering ditemui pada kulit dibandingkan dengan kerabatnya yang bersifat patogen yaitu Staphylococcus aureus. Secara keseluruhan ada sekitar 103-104 mikroorganisme/cm2 yang kebanyakan terletak pada stratum (lapisan) korneum.
Flora Normal pada Usus Besar
Tak hanya di kulit, pada salah satu organ pencernaan manusia yaitu usus besar juga terdapat mikroflora normal. Pada usus besar hidup bakteri Eschericia coli yang menjadi salah satu mikroba pembantu dalam proses pembusukan makanan. Keberadaan E. coli dalam jumlah berlebihan dapat mengakibatkan diare. Namun, bakteri gram-negatif seperti Escherichia coli yang habitatnya ada di dalam usus manusia, juga bisa terdapat pada kulit manusia karena adanya kontaminasi kotoran manusia.
Flora Normal pada Vagina
Pada vagina atau daerah kewanitaan terdapat bakteri Lactobacillus yang merupakan bakteri flora normal. Lactobacillus berfungsi dalam menjaga tingkat pH vagina agar mematikan bakteri patogen. Apabila keseimbangannya terganggu, dapat menyebabkan bakterial vaginosis.