Pohon filogenetika yang didasarkan pada rRNA, menunjukkan pemisahan bacteria, archaea, dan eukariota.
Sistem tiga domain adalah klasifikasi biologis yang dicetuskan oleh Carl Woese pada tahun 1990. Sistem ini membagi kehidupan seluler menjadi domain archaea, bakteri, dan eukariota. Sistem tiga domain menekankan pemecahan prokariota menjadi dua kelompok, yaitu Eubacteria (kini Bacteria) dan Archaebacteria) (kini Archaea). Woese berargumen bahwa, atas dasar perbedaan gen 16S rRNA, dua kelompok tersebut dan eukariota muncul secara terpisah dari nenek moyang dengan genetika yang tidak berkembang dengan baik.